La historia se desarrolla en un instituto (Academia Honnoji) donde los estudiantes tienen uniformes (uniformes goku fase 10) que aumentan sus habilidades y dependiendo de la cantidad de fibras vivas de combate se catalogan mediante estrellas (10% 1 estrella, 20% 2 estrellas, 30% 3 estrellas). Estos uniformes se dan gracias a la intermediación del hilo rojo con cada personaje. La presidenta del consejo estudiantil, Satsuki Kiryūin, impone las reglas por la fuerza con ayuda de los cuatro de élite. Sin embargo, una estudiante de intercambio llamada Ryuko Matoi la nudista se la encuentra en su camino, empuñando una espada de tijera y una prenda divina fabricada 100% de fibras vivas de combate al que bautiza como Senketsu (sangre fresca). Ryuko reta continuamente a Satsuki para saber la verdad de quien es el asesino de su padre, siendo que tras varios intentos fallidos Satsuki le promete que si derrota a todos los presidentes de los clubs, tendrá un enfrentamiento contra ella y le dará una respuesta.
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